使用中的化粪池应做到按时的清掏维护保养，以确保它的正常功能和防止阻塞，化粪池的日常维护性清掏，建议每一年一次。集体女生宿舍、大型酒店、餐饮业集中的化粪池每年清掏两次。新建小区的化粪池在前3年基本能够不用清掏维护保养，可在第四年或第五年进行头次清掏设备维护。
很多人错误的人为，清理化粪池便是要将化粪池的污水排干，再人工清理化粪池底部的堆积物。实际上，这大可不必，由于，通过污水管道流向化粪池的污水和污物，百分之九十八以上会浮在水面以上，只能不到百分之二的污物会沉积到底部。
化粪池本身便是一个收集污物，再进行降解、转化、过滤的器皿。往往要对化粪池进行清掏，是由于该器皿的容量有限，要把那些长期无法降解的物质清理出来，让化粪池有充足的空间，才可以起到继续收集和转化功能。
若化粪池长期不可以得到有效的清理，会造成污物过多，如：头发、毛巾、塑料布和粪便、油垢相互粘接，形成固体，越积越厚，造成阻塞翻眼。这时候清理化粪池难度就相当大了。与此同时会产生大量易燃和有害气体。
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